女性披衣菌感染後果比男性來得更嚴重，婦女常有未被發現的披衣菌感染，大約百分之五十的受感染病人沒有呈現症狀。砂眼披衣菌會造成黏膿性的子宮頸炎以及尿道徵狀，還有子宮內膜炎及輸卵管炎，這些上生殖道的披衣菌感染會導致不孕或是異位懷孕，這對婦女而言是很大的傷害，生產死亡有百分之十是因為異位懷孕。黏濃性子宮頸炎以及尿道症狀百分之二十的黏膿性子宮頸炎是由砂眼披衣菌造成的，和男性的尿道炎一樣，無症狀的情況比有症狀更常發生，子宮頸看來正常或呈紅色且脆弱，經由體檢反映出的披衣菌子宮頸炎及淋球菌子宮頸炎的差異通常不大。半數的淋球菌子宮頸炎婦女帶有同時存在的披衣菌感染，如果用盤尼西林治好淋球菌感染；同時存在的披衣菌子宮頸炎就會繼續在且發展到骨盆發炎疾病
（輸卵管炎）而導致不孕及異位懷孕。

砂眼披衣菌是造成婦女尿道炎病症的致病因素，較常見的有排尿困難、尿急、尿頻，同時發生的披衣菌子宮頸炎也可能存在。事實上，受披衣菌感染女患者的性伴侶至少有一位是受砂眼披衣菌感染的，所以必須限制此一有機體的蔓延，治療應包括性伴侶，因為可能造成再傳染或是傳給其他伴侶，至於受感染的孕婦，有傳染給胎兒及新生兒的危險性。

子宮內膜炎
披衣菌感染可能由子宮頸往下降至子宮內膜，砂眼披衣菌被發現在子宮腔的上皮層，子宮內膜及其併發的子宮頸炎的確實發生率不明，但估計在所有子宮頸炎婦女中有半數也患有子宮內膜炎。經期間的子宮出血及骨盆疼痛伴隨著子宮內膜炎，不論這些症狀是否由披衣菌或其他感染媒體造成，在作適當的治療前都應決定是用口服低劑量 Progesterone 或是體內注射方法。

輸卵管炎
輸卵管炎是女性生殖器感染中最嚴重的併發症，它是造成異位懷孕及不孕症的主要原因，百分之十的母體死亡是由於異位懷孕，而且在輸卵管炎婦女身上發生比普通高八至十倍，百分之五十的急性輸卵管炎是由披衣菌造成的。百分之二十輸卵管炎婦女會不孕（根據研究），第三期輸卵管炎婦女的不孕機率已由百分之二十五增加至百分之七十五。百分之五十因為輸卵管瘢痕而不孕的婦女被發現事先有披衣菌感染血清證據。輸卵管炎會涉及輸卵管的發炎，而且通常與子宮頸、子宮內膜及卵巢有關係，在十個患有披衣菌子宮頸炎的婦女中，大約有一個的砂眼披衣菌被發現在輸卵管中，這些資料都指出砂眼披衣菌是必須儘快被測出及早加以治療的。

肝週圍炎
上腹疼痛是肝週圍炎的先驅症狀，其他症狀包括發燒、觸痛及腹壁的痙攣，在一項研究中指出，十個最初被診出有膽囊炎的住院病人中，有一個被證明是有肝週圍炎、砂眼披衣菌到非淋球菌淋病都會造成肝週圍炎，這種情況幾乎僅發生在那些感染有機體由發炎的輸卵管蔓延到肝的婦女身上。砂眼披衣菌對婦女而言是具有威脅性的，百分之五十輸卵管炎是由披衣菌造成的，它會導致嚴重的輸卵管損壞，不孕以及異位懷孕，報告指出有百分之十的母體死亡是由於異位懷孕造成的，而有肝週圍炎婦女異位懷孕的機率又比一般高八至十倍。

較不具威脅性的症狀如子宮頸炎，通常是此一疾病的第一期，和男性的情況一樣，婦女披衣菌感染通常是無症狀的（尤其是在早期）
或被誤解，如果不加以診斷，它會在病人體內蔓延，甚至傳給性伴侶。 這些併發症是所有披衣菌症狀中最可怕的，婦女尤其危險：
因為是雙重危險，危害到本身及新生兒。

直腸炎
砂眼披衣菌也會造成直腸炎（肛門發炎），尤其是在男同性戀者身上，必須和其他致病媒體如非淋球菌淋病及單純庖疹病毒加以區分，呈現症狀包括有分泌物、疼痛、腹瀉、便血以及潰瘍。 砂眼披衣菌是造成非淋球菌尿道炎、淋病後尿道炎，以及年青男性附睪丸的主要致病因素，比淋病廣泛二到四倍，也會造成男同性戀者某程度的 Reiter 氏症狀以及直腸炎。單由臨床徵狀不容易判斷披衣菌感染，因為它可能是無症狀的，也可能其他的病原造成類似的症狀，事實上，砂眼披衣菌和非淋球菌淋病雙重感染也常發生。不單是以上各疾病對男性有害，未被診斷出的男性帶菌者也會將其砂眼披衣菌傳給其性伴侶。

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