• 2025/11/10 學會指引 HPV疫苗接種指引補充意見
• 2025/08/01 學會指引 Recommendations and guidance for human papillomavirus (HPV) vaccination for adults in Taiwan
• 2025/08/01 學會指引 台灣成人梅毒及淋病臨床診斷、治療暨預防指引
• 2025/02/03 學會指引 侵襲性腦膜炎雙球菌疾病預防建議
• 2024/11/22 學會指引 抗流感病毒藥物使用建議（2024年修訂版）
• 2024/11/06 學會指引 新冠疫苗補充意見
• 2024/10/08 學會指引 流感疫苗指引補充意見
• 2024/10/01 學會指引 Recommendations and guidance for herpes zoster vaccination for adults in Taiwan
• 2024/07/02 學會指引 新冠治療指引補充意見
• 2024/06/06 學會指引 臺灣居家感染症注射型經驗性抗生素建議
• 2023/10/01 學會指引 人畜共通傳染病臨床指引（第三版）
• 2023/04/01 學會指引 Recommendations and guidelines for the diagnosis and management of Coronavirus Disease-19 (COVID-19) associated bacterial and fungal infections in Taiwan
• 2022/07/01 學會指引 Recommendations and guidelines for the treatment of infections due to multidrug resistant organisms
• 2022/05/03 學會指引 結核病診治指引（第七版）
• 2021/04/09 學會指引 抗流感病毒藥物使用建議（2021年修訂版）