• 2024/11/22 學會指引 抗流感病毒藥物使用建議（2024年修訂版）
• 2023/10/01 學會指引 人畜共通傳染病臨床指引（第三版）
• 2023/04/01 學會指引 Recommendations and guidelines for the diagnosis and management of Coronavirus Disease-19 (COVID-19) associated bacterial and fungal infections in Taiwan
• 2022/07/01 學會指引 Recommendations and guidelines for the treatment of infections due to multidrug resistant organisms
• 2022/05/03 學會指引 結核病診治指引（第七版）
• 2021/04/09 學會指引 抗流感病毒藥物使用建議（2021年修訂版）
• 2020/11/10 學會指引 Recommendations and guidelines for the treatment of Clostridioides difficile infection in Taiwan
• 2019/03/15 學會指引 台灣肺炎診治指引（2018年中文版）
• 2019/03/15 學會指引 Recommendations and guidelines for the treatment of pneumonia in Taiwan
• 2018/07/01 學會指引 2016 guideline strategies for the use of antifungal agents in patients with hematological malignancies or hematopoietic stem cell transplantation recipients in Taiwan
• 2018/03/01 學會指引 2016 guidelines for the use of antifungal agents in patients with invasive fungal diseases in Taiwan
• 2014/02/01 學會指引 Recommendations for penicillin skin testing in Taiwan
• 2013/06/01 學會指引 Guidelines for the treatment of methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in Taiwan
• 2012/05/01 學會指引 腸病毒71型感染併發重症臨床處理注意事項
• 2011/03/16 學會指引 人畜共通傳染病臨床指引（第二版）